Menurutnya, ada tiga isu yang dapat mengganggu stabilitas politik dan ekonomi dan menghambat pelaksanaan Reformasi. Ketiganya adalah status Timor Timur, Gerakan Aceh Merdeka (GAM), dan kelompok sparatis di Irian Jaya (Papua). Menurutnya, dari ketiga masalah itu, status Timor Timur yang harus segera diselesaikan.
Sebab, provinsi ke-27 RI itu masih dipermasalahkan oleh Dewan Keamanan PBB. Sementara GAM dan kelompok separatis di Irian Jaya tidak mendapatkan dukungan PBB.
"Saya berpendapat dan berkeyakinan, sebelum presiden dan wakil presiden dipilih oleh para anggota Sidang Umum MPR hasil pemilu yang akan datang, masalah Timor Timur sudah harus diselesaikan. Penyelesaian Timor Timur harus tuntas dan dapat diterima oleh masyarakat Timor Timur, Indonesia, internasional," kata BJ Habibie dalam buku berjudul 'Bacharuddin Jusuf Habibie, Detik-Detik yang Menentukan'.
Untuk menentukan langkah penyelesaian Timor Timur, BJ Habibie mempelajari sejarah Timor Timur dan mendengar masukan dari para tokohnya. Ia lalu mengundang Uskup Dili, Carlos Filipe Ximenes Belo dan Uskup Baucau, Basilio do Nascimento untuk bertemu di Kantor Presiden, Bina Graha.
Namun Uskup Nascimento berhalangan hadir. Dalam pertemuan yang berlangsung 1,5 jam, Uskup Belo menyampaikan catatan mengenai Timor Timur. Salah satu yang diminta adalah jaminan hak kebebasan penduduk asli untuk bepergian ke mana saja dan menetap di mana saja tanpa membatasi ruang gerak mereka. Uskup Belo mengungkapkan adanya pemaksaan menetap di permukiman yang dibangun di sepanjang jalan umum demi mempermudah pengontrolan oleh aparat keamanan.
Editor : Sefnat Besie