Sejumlah karya tulis terkenal Romo Magnis:
1975 Normative Voraussetzungen im Denken des jungen Marx, München: Alber.
1981 Javanische Weisheit und Ethik, München/Wien:Oldenbourg.
1984 Etika Jawa. Sebuah Analisa Falsafi, Jakarta: Gramedia.
1986 Kuasa dan Moral Jakarta: Gramedia.
1989 Neue Schwingen für Garuda. Indonesien zwischen Tradition und Moderne, München: Peter Kindt.
1989 Etika Dasar. Masalah-masalah Pokok Filsafat Moral, Yogyakarta: Kanisius.
1991 Wayang dan Panggilan Manusia Jakarta: Gramedia.
1992 Filsafat Sebagai Ilmu Kritis Yogyakarta: Kanisius.
1995 Mencari Sosok Demokrasi. Sebuah Telaah Filosofis, Jakarta: Gramedia Pustaka Utama.
1999 Pemikiran Karl Marx. Dari Sosialisme Utopis ke Perselisihan Revisionisme, Jakarta: Gramedia Pustaka Utama.
2003 Dalam Bayang-bayang Lenin. Enam Pemikir Marxisme dari Lenin Sampai Tan Malaka, Jakarta: Gramedia Pustaka Utama.
2005 Pijar-pijar Filsafat. Dari Gatholoco ke Filsafat Perempuan, dari Adam Müller ke Postmodernisme, Yogyakarta: Kanisius.
2006 Menalar Tuhan, Yogyakarta: Kanisius.
2013 Dari Mao ke Marcuse: Percikan Filsafat Marxis Pasca-Lenin, Jakarta: Gramedia Pustaka Utama.
2015 Garuda im Aufwind. Das moderne Indonesien, Bonn: Dietz Nachf.
2016 Etika Politik. Prinsip-prinsip Moral Dasar Kenegaraan Modern, Jakarta: Gramedia Pustaka Utama.
2017 Katolik Itu Apa? Sosok – Ajaran – Kesaksiannya, Yogyakarta: Kanisius.
2020 Menggereja Di Indonesia: Percikan Kekatolikan Sekarang, Yogyakarta: Kanisius.
2021 Demokrasi - Agama - Pancasila: Catatan Sekitar Perpolitikan Indonesia Now, Jakarta: Buku Kompas.
2021 Keagamaan Masa Depan - Modernitas - Filsafat: Harkat Kemanusiaan Indonesia Dalam Tantangan, Jakarta: Buku Kompas.
Editor : Sefnat Besie