Pada periode tersebut, dia dipercayakan untuk menjadi Menteri Pertahanan sejak 26 Agustus 2000 hingga 14 Agustus 2001.
Keputusannya menerima posisi Menteri Pertahanan sebagai seorang warga sipil cukup mencuri perhatian. Meskipun begitu, Mahfud MD berhasil mencapai sejumlah pencapaian yang patut diapresiasi, salah satunya penyusunan Undang-Undang (UU) No 3/2002 tentang Pertahanan Negara.
Tidak hanya itu, selama periode yang sama, Mahfud MD juga pernah menjadi Menteri Kehakiman dan HAM menggantikan Yusril Ihza Mahendra yang diberhentikan pada 8 Februari 2001.
Dia resmi menjabat sebagai Menteri Kehakiman dan HAM pada 20 Juli 2001. Namun, kesempatannya untuk menjalankan tugas tersebut dengan sempurna terbatasi karena pada bulan yang sama, Presiden RI saat itu Gus Dur mengalami pemakzulan dari jabatannya.
Kemudian, di era pemerintahan Presiden Jokowi, Mahfud MD kembali ke panggung pemerintahan. Dia ditunjuk sebagai Menko Polhukam dalam Kabinet Indonesia Maju yang menjabat dari tahun 2019 hingga 2024.
Editor : Sefnat Besie